Contato que tenha um index em todas as pastas, não terá esse problema.

De toda forma, para evitar que isso ocorra, crie um arquivo chamado .htaccess dentro da www do site.

Dentro do arquivo informe:

Options All -Indexes

Isso evita a listagem de arquivos em todos os diretórios do site que não possuem um arquivo de índice (index.html, default.html ou variante).

Para realizar tal proteção de não exibir arquivos do FTP em caso de não ter um arquivo de índice, para um único diretório, use:

Options -Indexes