Nosso sistema é um cluster de alta performance, extremamente redundante. E-mails não são removidos pelo sistema, exceto da lixeira após 60 dias. Existem diversas possibilidades caso não encontre determinados e-mails, terem sido baixados via POP, terem sido apagados, terem sido autoarquivados (detalhes abaixo), etc.

Em caso de não estar encontrado e-mails, favor ver as orientações abaixo e, caso não ajude, ao final, temos informações de como restaurar emails do backup. 

É sempre interessante verificar a situação no WebMail, que traz uma visão garantida de como os e-mails estão no servidor.

1) Tanto no caso do WebMail quanto de programas de e-mail

Pode ter ocorrido autoarquivamento de emails, no caso de ter muitas mensagens Caixa de entrada, itens enviados ou outra pasta.

Favor ler o seguinte tutorial: https://suporte.lucanet.com.br/kb/outros/autoarquivamento-de-e-mails

1.2) O usuário pode ter apagado os e-mails, ou os movido para alguma pasta. Verifique na lixeira e em subpastas.

Faça uma busca pelo remetente/destinatário ou assunto da mensagem.

Veja como realizar buscas em todas as pastas através do WebMail: https://suporte.lucanet.com.br/kb/configurando-programas-de-e-mail/como-busco-por-e-mails-no-webmail

1.3) No caso de um programa de e-mail, o usuário pode ter baixado os e-mails através do protocolo POP3 e apagado após baixado (comportamento nativo do POP, no caso de não ter usado a opção de manter uma cópia dos e-mails no servidor). No painel de administração ou no webmail de cada conta, consegue-se visualizar últimos acessos e protocolo usado. Recomenda-se usar IMAP.

2) No caso do WebMail

2.1) Mensagens podem estar desordenadas.

Pode ser que as mensagens esteja ordenadas alfabeticamente ou, ainda, por data, das mais antigas para as mais novas.

Clique na coluna "Mensagem" para ordenar por ordem alfabética do nome do remetente. Clique novamente, para ordenar da forma contrária.

Clique na coluna "Data" e ordenará por data crescente ou decrescente, dependendo de como estava. Clique novamente para ordenar de forma contrária.

Veja as setas na tela abaixo, indicando as colunas referenciadas:

2.2) Se não aparece praticamente nada, apenas data/hora das mensagens, pode ter ocorrido de ter acidentalmente clicado para não exibir remetente/assunto dos e-mails.

Clique nos 3 pontinhos verticais ao lado da coluna data, na listagem de e-mails, conforme primeira seta (de cima para baixo), indicada na tela abaixo.

Em seguida, se a caixa de seleção ao lado de "DE" estiver desmarcada, marque-a.

Tela:

2.3) Sempre pode tentar limpar temporários do navegador, testar de outro navegador, outra conexão, etc. Veja: https://suporte.lucanet.com.br/kb/outros/como-limpo-cache-cookie-em-meu-navegador

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Atenção:

Não sendo nenhum desses casos, favor restaurar os e-mails desejados a partir dos backups do sistema, conforme o seguinte tutorial: https://suporte.lucanet.com.br/kb/painel-do-usuario/como-restaurar-backups